Nafpaktos, eine seit der Antike bekannte Stadt, verdankt ihren Namen den Worten “ναυς” und “πήγνυμι”, was “ein Schiff bauen” bedeutet. Die ersten Quellen gehen auf das Jahr 1104 v. Chr. zurück, als die Dorier in die Gegend kamen, um Schiffe zu bauen und über den Peloponnes zu segeln.

Ihre herausragende geografische Lage am Eingang des Golfs von Korinth machte sie sowohl in der Antike als auch in der byzantinischen und modernen Zeit zum Zankapfel. Die Stadt gehörte ursprünglich den Hesperia Lokrianern, der die Kontrolle über sie 454 v. Chr. an die Athener verlor. Die Athener nutzten sie während des Peloponnesischen Krieges als Stützpunkt für wichtige See- und Landoperationen. Lokris, Athener, Messenier, Achäer, Thebaner, Makedonier und Ätolier wechselten sich in der Herrschaft von Nafpaktos ab und prägten seine lange Geschichte. Ab 338 v. Chr. wurde sie zum Zentrum des Ätolischen Bundes und zum Tagungsort der jeweiligen Räte. Im Jahr 191 v. Chr. wurde Nafpaktos von den Römern belagert und ging nach einer Kapitulation in die Kontrolle der Lokrianer über und wurde politisch von der römischen Kolonie in Patras abhängig.

Die wichtige Rolle von Nafpaktos in der frühbyzantinischen Zeit wird auch durch die Existenz starker Befestigungsanlagen belegt, die bereits im 6. Jahrhundert vom byzantinischen Historiker Prokopius erwähnt wurden. Aus der mittelbyzantinischen Zeit gibt es mehr Informationen über Nafpaktos. Wahrscheinlich wurde Nafpaktos nach 880 zur Hauptstadt des Bereichs Nikopolis und das Bistum Nafpaktos wurde zur “Metropole des alten Epirus” aufgewertet. In dieser Zeit wurde die Stadt auch zu einem der wichtigsten Anlegeplätze für die byzantinische Flotte der westlichen Operationen und verfügte über eine Werft. Gleichzeitig wurde die wirtschaftliche Bedeutung des Hafens von Nafpaktos erweitert, und die Stadt wurde als Zwischenstation für diplomatische Reisen nach und von Konstantinopel bezeichnet.

Nach dem Fall Konstantinopels an die Franken im Jahr 1204 kam Nafpaktos für kurze Zeit unter die Kontrolle der Venezianer, die es in ihren Quellen als Nepanto (umschrieben als Lepanto) bezeichnen, während es einige Jahre später, mit dem Vertrag von 1210, dem Despoten von Epirus Michael I. Angelos, Herzog Komnenos, übergeben wurde. Es ist vielleicht der Zeitraum, für den wir die umfassendsten Daten über die Geschichte der Stadt haben, dank zweier charismatischer Persönlichkeiten, die Ende des 12. und Anfang des 13. Jahrhunderts den Bischofsthron bestiegen: Konstantin Manasses und Johannes Apokavkos. Insbesondere Apokavkos ist eine wichtige Quelle für die Verhältnisse in der Region Nafpaktia im frühen 13. Jahrhundert. Das Bild, das er beschreibt, ist düster. Die Bevölkerung war zurückgegangen, und es gab Umsiedlungen aufgrund von Naturkatastrophen und Piratenüberfällen. Im Jahr 1294 übergab Nikiforos I. Angelos, Herzog von Komnenos, Nafpaktos als Mitgift an Philipp I. von Tarent, einen Angehörigen der Dynastie der Anjou, die dadurch ihre Herrschaft in diesem Gebiet für etwa ein halbes Jahrhundert festigten. Philipp befestigte die Stadt und prägte eine Währung nach westlichem Standard. Der Bürgerkrieg zwischen Andronikos II. und Andronikos III. Palaiologoi über das Schicksal des Despotats von Epirus und der Feldzug von Valterus Vrivenius gegen die Katalanen schufen ein Klima der Unsicherheit und allmählich ein Machtvakuum. Nachdem die Albaner 1361 die Streitkräfte des Despotats von Epirus besiegt hatten, drangen sie allmählich in Westgriechenland vor und wurden 1380 Herrscher von Nafpaktos.

Nach der Übergabe der Stadt von den Albanern an die Venezianer im Jahr 1407 erhielt Nafpaktos neue Befestigungen und die Siedlung nahm mit der Burg und dem Hafen fast ihre heutige Form an. Im Jahr 1499brach zwischen dem Osmanischen Reich und Venedig ein Krieg um die Kontrolle der Ägäis und des östlichen Mittelmeers aus. Die Osmanen setzten sich durch und eroberten alle venezianischen Besitztümer einschließlich Nafpaktos. Sie befestigten die Burg und den Hafen weiter und errichteten zahlreiche öffentliche Gebäude in der Stadt und in der Umgebung, darunter die Zwillingsburgen (Rio-Antirrio), die “kleinen Dardanellen” am Eingang zum Golf von Korinth.

Als das Osmanische Reich zu expandieren begann und die Gefahr seiner Expansion in den Westen sichtbar wurde, schlossen sich die europäischen Herrscher zusammen, um es in Schach zu halten. Auf Initiative von Papst Pius V. wurde die Heilige Liga gebildet, an der Spanien, Venedig, Rom, Savoyen, der Orden der Johanniter von Ioannina und Genua beteiligt waren. Im Oktober 1571 fand unter dem spanischen Prinzen Don Juan als Oberbefehlshaber der christlichen Flotte die berühmte Schlacht von Nafpaktos an der Mündung des Acheloos bei Echinades statt.

Die Schlacht von Nafpaktos ist eines der wichtigsten Ereignisse der frühen Neuzeit. Sie fand am Eingang des Golfs von Patraikos in der Nähe der Inseln von Echinades statt und nahm die Ausmaße eines Kreuzzuges an. Es war vielleicht der letzte große Konflikt zwischen dem katholisch-christlichen Westen und dem Islam. Die Schlacht bedeutete das Ende der Ambitionen des Osmanischen Reiches auf die totale Beherrschung des Mittelmeers und die Expansion nach Italien und an die Küsten Frankreichs und Spaniens. Die Staaten der Heiligen Liga (das habsburgische Spanien, Venedig, Genua, der Malteserorden und der Kirchenstaat) versuchten jedoch, jeder für sich, einen Friedensvertrag mit den Osmanen zu schließen, um den ununterbrochenen Handelsverkehr nicht zu beeinträchtigen, obwohl dieser Sieg als sehr symbolträchtig gefeiert wurde.

Der Sieg der christlichen Flotte war also von entscheidender historischer Bedeutung für die Zukunft Europas, aber er brachte nicht die gewünschten Ergebnisse für die Griechen, die gehofft hatten, vom osmanischen Joch loszuwerden. Im Jahr 1687 eroberten die Venezianer unter dem Befehl von Morosini Nafpaktos vorübergehend zurück, bis sie es 1699 gemäß dem Vertrag von Karlovy Vary an die Osmanen zurückgaben. Nafpaktos wurde im April 1829 durch einen Vertrag befreit, der von Augustinos Kapodistrias, dem Bruder des griechischen Gouverneurs Ioannis Kapodistrias, unterzeichnet wurde, der als Statthalter in dem Gebiet blieb. Nach der Befreiung siedelten sich viele Familien von Kämpfern, vor allem aus Souli, in der Stadt an.