Το λιμάνι της Ναυπάκτου, που αποτελεί ουσιαστικά την πρώτη ζώνη άμυνας του κάστρου και μοιάζει με ένα μικρό πέταλο, καθώς η είσοδός του έχει άνοιγμα μόλις 35 μέτρων.

Από την αρχαιότητα διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην περιοχή, κυρίως ως ναυτικός σταθμός κατά τους Μεσσηνιακούς πολέμους και τον Πελοποννησιακό πόλεμο (5^ος -4^ο αι. π.Χ). Την εποχή του Βυζαντίου, καθιερώνεται ως βάση του βυζαντινού στόλου για τις εξορμήσεις του στη Δύση,  ενώ ήδη από το 10ο αιώνα, αναφέρεται ως ενδιάμεσος σταθμός στα ταξίδια των διπλωματικών αποστολών προς τη Δύση. Παράλληλα συνδέεται οδικά με την Κωνσταντινούπολη μέσω του χερσαίου δικτύου της ηπειρωτικής Ελλάδας.

Από το  1407 έως το 1499, την περίοδο της Α΄ Ενετοκρατίας,  η Ναύπακτος γνώρισε μεγάλη εμπορική ανάπτυξη, οι Ενετοί συνέδεσαν με τείχη την ακρόπολη με το λιμάνι και διαμόρφωσαν αμυντικά το τελευταίο. Τα επιθαλάσσια τείχη βρέχονταν εξωτερικά από τη θάλασσα και ενισχύονταν από τηλεβόλα όπλα. Ο αμυντικός τους χαρακτήρας ενισχύεται από επάλξεις (ενετικές είναι αυτές με απόληξη χελιδονοουράς και οθωμανικές οι επάλξεις ορθογώνιου σχήματος), ενώ στη βάση των τειχών του δυτικού λιμενοβραχίονα διαμορφώθηκαν πέντε κανονιοθυρίδες. Δύο ισχυροί ημικυκλικοί προμαχώνες πλαισίωναν την είσοδο του λιμανιού.

Η ενετική θαλάσσια πύλη, διαμορφωμένη με τοξωτό θύρωμα και προφυλαγμένη από ορθογώνια καταχύστρα, διασώζεται έως τις μέρες μας. Αργότερα ενισχύθηκε από φυλάκιο με κωνική στέγη για φρουρό  (αντίστοιχο φυλάκιο προστέθηκε και στον ανατολικό προμαχώνα του λιμανιού). Βαμβάκι, σιτάρι, αλάτι και πολλά άλλα προϊόντα διακινούνταν σε όλες τις ενετικές κτήσεις της ανατολικής μεσογείου μέσω της Ναυπάκτου. Μετά την επικράτηση των Οθωμανών το 1499, η άμυνα του λιμανιού ενισχύθηκε. Φυλάκιο με πυραμιδοειδή στέγη προστέθηκε  στον ανατολικό του προμαχώνα που λειτουργούσε ως  φάρος. Ο δυτικός προμαχώνας τροποποιήθηκε και από τον 19^ο αιώνα στέγαζε την τελωνειακή αρχή,  που επέβαλε τέλη στα πλοία που έμπαιναν και έβγαιναν από το λιμάνι, το οποίο αποτελούσε σπουδαίο εμπορικό κέντρο της εποχής και τα προϊόντα που διακινούνταν από εκεί ήταν κυρίως δέρματα, λάδι, ρύζι, καπνός και δημητριακά.

Την Τουρκοκρατία, το λιμάνι της Ναυπάκτου αλλά και ο οικισμός έγιναν κατά περιόδους ορμητήριο πειρατών, γεγονός που συντέλεσε στην παρακμή της εμπορικής δραστηριότητας της πόλης, που ονομάστηκε Μικρό Αλγέρι. Σύμφωνα με το Βαρώνο  Louis Deshayes (1625), το κάστρο και το λιμάνι της πόλης είχαν μετατραπεί σε «φωλιές κουρσάρων που αποκαλούνταν «λεβέντες». Λίγο αργότερα, το 1675-1676, ο γιατρός Jacob Spon ανέφερε ότι το λιμάνι έκλεινε το στόμιό του με αλυσίδα, επιτρέποντας την είσοδο μόνο σε μικρά και μεσαίου μεγέθους πλοία.

Στο λιμάνι θα θαυμάσετε σημαντικά αξιοθέατα, όπως τα πρόσφατα αναστηλωμένα τείχη στους δύο λιμενοβραχίονες, το ναυτικό φάρο και το Φετιχιέ Τζαμί που έχτισε ο Βαγιαζίτ Β΄ (1499) στον ανατολικό λιμενοβραχίονα. Στον δυτικό λιμενοβραχίονα δεσπόζει ο ανδριάντας του πυρπολητή Γιώργου Ανεμογιάννη, που βρήκε μαρτυρικό θάνατο κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης το 1821, όταν οι Έλληνες επιχείρησαν να απελευθερώσουν τη Ναύπακτο. Σε μικρή απόσταση, το άγαλμα του Miguel de Cervantes Saavedra αποτελεί διαρκή υπόμνηση στην ιστορική Ναυμαχία της Ναυπάκτου (1571) που έλαβε χώρα στη δυτική είσοδο του Κορινθιακού. Κάθε Οκτώβριο, ο Δήμος Ναυπακτίας, προς ανάμνησιν του σημαντικού αυτού ιστορικού γεγονότος, διοργανώνει εκδηλώσεις και αναπαράσταση της ναυμαχίας στο μικρό ενετικό λιμανάκι. Σ’ αυτήν συμμετέχουν αντιπροσωπείες και Διπλωματικές Αποστολές από τις χώρες που έλαβαν τότε μέρος στη ναυμαχία.

Σήμερα το λιμάνι αποτελεί σήμα κατατεθέν της πόλης της Ναυπάκτου και σημείο συνάντησης των ντόπιων και των επισκεπτών. Τα καφέ, τα μπαράκια, τα αιωνόβια πλατάνια, οι πολύχρωμες ξύλινες βάρκες και τα ιστία των ιστιοφόρων, που μοιάζουν να εναλλάσσονται με τις ενετικές επάλξεις, συνθέτουν ένα μοναδικό φυσικό σκηνικό.